Thomas Roch est un inventeur génial œuvrant malheureusement dans le domaine militaire ; son invention géniale devrait lui apporter gloire et fortune mais la folie des grandeurs qui le gagne lui vaut de se voir fermer les portes de tous les ministères de la guerre d'Europe et des États-Unis… car aucun gouvernement n'est prêt à payer le prix exorbitant demandé en contrepartie du secret militaire dont il est seul détenteur.

De son côté, le gouvernement de Washington préfère le faire interner, plutôt que de le voir aller vers une autre puissance plus encline à se ruiner pour cet explosif révolutionnaire. C'est dans la maison de repos où séjourne M. Roch, "Healthfull-House", que commence l'histoire : d'étranges visiteurs viennent lui rendre visite comme s'il s'agissait d'une curiosité locale. Parmi eux, figurent l'énigmatique Comte d'Artigas, dont la richesse et la renommée le précèdent dans le monde entier, et le capitaine Spade, son bras droit. Il s'ensuit un double enlèvement et un voyage en bateau jusqu'à la base des kidnappeurs, l'ilôt perdu de "Back-Cup", isolé au sein de l'archipel des Bermudes, aux abords duquel plusieurs navires en approche afin de relâcher ont disparu corps et biens pour ne jamais reparaître… Cet ilôt, qui sert de repaire au comte et aux siens, doit son nom à sa forme, qui évoque une tasse renversée, en tout cas tout à fait impénétrable. Pourtant, d'Artigas, dont le roman permet de découvrir la véritable identité, s'est approprié la technique du sous-marin, appelé "tug" dans le récit, si bien qu'il en a découvert l'entrée par hasard en immergeant son tug à l'approche de l'ilôt. L'intérieur vouté et immense de Back-Cup rappelle le lieu où Nemo viendra amarrer définitivement son propre sous-marin, le Nautilus, dans un autre roman de Jules Verne, L'Île mystérieuse. Cet îlot semble volcanique aux marins qui s'en approchent, car une fumée s'échappe de son dôme ; l'arrivée du surveillant de Roch, qui raconte le récit, à l'intérieur révèlera que ce sont en réalité les compagnons de mer du comte qui font brûler un feu continuel à l'abri de l'ilôt pour faire croire à l'existence d'un volcan en activité. Mais d'Artigas et Spade, secondés de l'ingénieur Serkö, veulent-ils supprimer toute chance de voir un jour cet explosif révolutionnaire fabriqué, ou veulent-ils s'en assurer l'exclusivité ? Nous le saurons au fil du roman, en suivant le récit qu'en fera le surveillant Gaydon (en réalité un ingénieur français agissant lui aussi incognito) dans son journal. Le savant Roch va devoir quant à lui se déterminer et décider de vendre ou non le secret à la fois révolutionnaire et destructeur de son invention, même s'il sait que celui-ci pourrait se retourner contre son propre pays, dont les bateaux croisent au large de Back-Cup mais à portée de tir : au moment du choix, il se trouvera donc « Face au drapeau ».