Kostas Papaïoannou est l'auteur d'importants travaux sur Marx, le marxisme et le totalitarisme soviétique (L'Idéologie froide. Essai sur le dépérissement du marxisme, Marx et les marxistes, De Marx et du marxisme). Sa traduction de La Raison dans l'Histoire. Introduction à la Philosophie de l'Histoire, de Hegel, fait autorité. La réflexion sur Hegel est également au centre de ses essais sur la «généalogie de la conscience historique», publiés sous le titre de La Consécration de l'histoire. On lui doit aussi de remarquables ouvrages sur L'Art et la civilisation de la Grèce classique et sur La Peinture byzantine et russe.