Shinichi Kudo est élève de première au lycée Tivedétec. Pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, beaucoup le considèrent comme "l'aide la plus précieuse que la police pouvait espérer". Un jour, alors que Shinichi se baladait avec sa petite amie Ran Mouri, il fait la rencontre d'hommes étranges vêtus de noir. Par curiosité et intuition, Shinichi les suit et comprend que ce sont des maîtres chanteurs. Découvert, on lui fait boire un poison expérimental pour le faire taire et l'effet est inattendu, il rajeunit. Shinichi, aidé par son voisin le Dr. Agasa, inventeur génial et farfelu, décide de partir à la recherche de l'organisation secrète dont il a été victime. Il cache sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa, et se réfugie chez Ran, dont le père est détective.