Nous sommes en l'an 3000. Jadis au XXe siècle, des envahisseurs monstrueux ont complètement noyé le terre, ne laissant subsister que quelques villes flottantes.

Trois sociétés coexistent et se haïssent dans cet univers étrange: les peureux habitants des villes, les seigneurs de la mer et les mutants, mi-hommes, mi-poissons. Le jeune Stargen, 18 ans, quitte la ville pour devenir seigneur de la mer. C'est alors que les conquérants de l'ombre reviennent. Stargan parviendra-t-il à réunir les trois peuples ennemis contre l'envahisseur commun?