Tandis que les Tortues tentent de protéger Splinter des attaques répétées de Baxter Stockman, la soif de vengeance de Shredder conduit Karai à prendre une décision inattendue pour protéger l'honneur du clan Foot.

Rien ne sera plus jamais pareil, car voici que les deux ennemis jurés et leurs disciples vont s'affronter lors d'un duel qui scellera leur sort pour toujours...