Rachel, la mère de Rebecca, est sortie de son long sommeil. Elle annonce un avenir terrifiant : Mother s'apprête à mourir et cela entraînera la fin du genre humain. Afin d'éviter cela, tout l'équipage de l'Edens Zero décide de se rendre pour un voyage sans retour pour le dernier monde, « Univers Zéro ». Le récit reprend là où tout a commencé, à Granbell. Shiki et Rebecca, puis Happy, voilà l'heure des retrouvailles ! Un nouveau départ pour une aventure qui doit leur permettre de sauver le monde !