X et ses quatre amis d'enfance mènent une vie tranquille à Bourg Croquis. Jusqu'au jour où apparaissent les Pokémon légendaires Yveltal et Xerneas, venant bouleverser le quotidien des jeunes gens. Et qui sont ces étranges personnes malveillantes vêtues de rouge ? Qu'est-ce que la Méga-Evolution ? Ce sera à nos cinq amis de le découvrir dans cette quête palpitante !!