73 ans après Le Labyrinthe, la survie de l’espèce humaine est menacée.

Sur l'île où s'étaient installés Thomas et les autres Blocards soixante-treize ans auparavant, vit Isaac, un jeune apprenti forgeron. Alors qu'il navigue avec ses amis, il aperçoit un bateau, qui se dirige vers l'étroit chenal menant à l'île. À son bord, des corps sans vie, et une femme qui saute à l'eau à son approche. Sauvée par le groupe d'amis, elle explique avoir été envoyée par le monde extérieur pour retrouver les descendants de Newt et Sonya. Ceux-ci seraient peut-être la solution pour trouver un remède contre la Braise…

Et si ce remède mystérieux était caché tout au fond du Labyrinthe ?