Le Capitaine Nemo refait surface pour sauver le Pr Aronnax et la journaliste Amélie Dupin alors que la Commune met à feu et à sang Paris.

Le Nautilus que l'on croyait perdu au nord de la Norvège a en réalité traversé le maelstrom. L'esprit de Nemo est depuis empoisonné par les pensées d'une entité cauchemardesque tapie sous l'océan depuis des millions d'années à bord du Nautilus.

Aidé par l'éminent spécialiste des monstres marins, l'équipage se lance à la recherche d'une mystérieuse caisse en métal perdue au large de Cuba pendant la guerre de sécession. Mais l'épave du cuirassé qui l'abrite est jalousement gardée par une pieuvre colossale....