Central City est, plus que jamais, le centre d'un obscur complot aux ramifications dépassant l'imagination de nos protagonistes. Le colonel Mustang voit son unité démantelée tandis qu'Edward et Alphonse doivent faire face à l'énigmatique géniteur des homonculi. Ce dernier réussi à rallier Lin à sa cause, le prince de Xing succombant aux pouvoirs de la pierre philosophale. Bien décidé à percer les mystères qui s'amoncèlent, Edward se rend chez Riza Hawkeye où le lieutenant va lui relater les terribles chroniques de la guerre d'Ishbal.