L'un a grandi au milieu des champs de l'Iowa. Il a lutté pour son indépendance, pour échapper à la perspective d'une vie morne et sans but, vouée à l'anonymat. L'autre a grandi entre les rudes falaises du désert de Vulcain. Il a lutté pour se faire accepter, cherchant un moyen de concilier la logique qu'on lui enseignait et les émotions qu'il ressentait. Aux confins de la galaxie, une machine de guerre émerge du néant, à un endroit et à une époque où elle n'aurait jamais dû se trouver. Son capitaine, rendu à moitié fou par la destruction de sa planète, s'est lancé dans une expédition punitive. Son but : la mort de tous les êtres intelligents, l'annihilation de toute civilisation. Kirk et Spock, deux personnalités inflexibles et très différentes, doivent trouver un moyen de commander le seul équipage et le seul vaisseau capables de l'arrêter.