Les larmes qu'Eureka a versées n'ont pas fait resurgir l'Atlantide, mais elles ont provoqué un terrible déluge : des pluies salées s'abattent partout sur terre, détruisant les hommes et les cultures. Avec sa meilleure amie Cat, son père, les jumeaux, et Ander -le beau et mystérieux Veilleur qui a choisi de trahir les siens par amour pour elle -, Eureka part à la recherche de Solon. Seul le vieux Veilleur sait comment vaincre Atlas, le roi cruel de l'Atlantide, dont le pouvoir grandit de jour en jour...Pour sauver le monde et délivrer son ami Brooks, possédé par l'esprit d'Atlas, Eureka est prête à renoncer à tout, même à l'amour...