2035. VDNKh. Artyom, marié à Anna – fille du colonel Melnik –, est retourné vivre dans sa station natale.

Un souvenir l'obsède pourtant, celui de la voix qu'il a entendue sur une radio militaire, deux ans plus tôt, quand il était au sommet de la tour Ostankino avec les stalkers. Aussi, depuis son retour, remonte-t-il quotidiennement à la surface, escalade des gratte-ciel en ruines, pour tenter d'entrer en contact avec d'autres survivants. Tenu pour fou, la risée de certains, Artyom sombre peu à peu jusqu'à ce que l'arrivée d'Homère bouleverse la situation : le vieil homme prétend en effet que des contacts radio ont déjà été établis avec d'autres enclaves. C'est le début d'un nouveau périple dans un métro qui sombre dans la haine et la violence, où l'homme retourne à l'état bestial.