Après des retrouvailles mouvementées avec son père et une découverte surprenante concernant la mort de sa mère, Edward Elric rentre à Central City. Il y retrouve Alphonse dont l'armure a été endommagée et Winry qui s'inquiète des dangers encourus par ses deux amis d'enfance. Pendant ce temps, Scar est lui aussi de retour à Central City et recommence ses actes meurtriers envers les alchimistes d'état. Les frères Elric aidés de Lin, un prince en quête de reconnaissance venant d'une contrée lointaine, vont élaborer un plan dont le but est de mettre à jour la véritable identité des Homonculus. Réussiront-ils à percer le mystère qui entoure les plus hautes instances de l'état ? Les risques n'ont jamais été aussi grands et la tension est à son comble. Après une lutte sans merci contre Scar dans laquelle l'innocente Winry a failli perdre la vie, les frères Elric et Lin arrivent à capturer l'homonculus nommé Gluttony. Mais cet acte ne s'est pas fait sans dommage et Ranfan s'est grièvement blessée lors de sa fuite. Aidés du colonel Roy Mustang et du lieutenant Riza Hawkeye, ils emmènent Gluttony hors de la ville pour l'interroger. Mais l'homonculus joufflu au caractère habituellement taciturne se révèle être un monstre aux pouvoirs dépassant l'entendement. Un nouveau combat s'engage dans lequel certains de nos héros pourraient bien disparaître…